登録免許税の計算方法をわかりやすく解説

相続登記を申請する際、必ず納めることになるのが「登録免許税」です。今回は、この登録免許税の具体的な計算方法と、計算時に注意すべきポイントを解説します。

登録免許税の基本の計算式

相続登記(相続による所有権移転登記)の登録免許税は、次の計算式で算出します。

登録免許税 = 不動産の固定資産評価額 × 0.4%(1000分の4)

固定資産評価額は、市区町村から送られてくる固定資産税の納税通知書に記載されている「価格」や「評価額」の欄、または「固定資産評価証明書」で確認できます。

計算の具体例

例:固定資産評価額が2,340万円の土地の場合

2,340万円 × 0.4% = 93,600円

この場合、登録免許税は93,600円になります。

端数処理のルール

登録免許税の計算では、2段階で端数処理を行う必要があります。

ステップ1:固定資産評価額の端数処理 評価額に1,000円未満の端数がある場合は、切り捨てます。

ステップ2:税額の端数処理 評価額に税率をかけて算出した税額に、100円未満の端数がある場合も切り捨てます。また、計算した税額が1,000円未満になる場合は、1,000円に切り上げます。

例:固定資産評価額が23,456,789円の場合

ステップ1:23,456,789円 → 23,456,000円(1,000円未満切り捨て)
ステップ2:23,456,000円 × 0.4% = 93,824円 → 93,800円(100円未満切り捨て)

登録免許税は93,800円になります。

土地と建物、それぞれで計算する

一つの不動産(たとえば戸建て)を相続する場合でも、土地と建物は別々の不動産として扱われるため、登録免許税もそれぞれ個別に計算し、合算します。

例:土地の評価額1,500万円、建物の評価額800万円の場合

土地:1,500万円 × 0.4% = 60,000円
建物:800万円 × 0.4% = 32,000円
合計:60,000円 + 32,000円 = 92,000円

登録免許税の合計は92,000円になります。

複数の不動産を相続する場合

相続する不動産が複数ある場合(たとえば自宅とアパートなど)も、それぞれの評価額を合算してから税率をかけることができます。1件ずつ個別に計算して端数処理をするのではなく、まず評価額の合計を出し、そこから登録免許税を算出するのが一般的な方法です。

マンション(敷地権付き区分建物)の場合の計算

戸建てとは異なり、マンションなどの区分建物は「敷地権付き区分建物」として登記されていることが一般的です。この場合、建物の専有部分だけでなく、敷地(土地)に対する権利(敷地権)も一体として登記されているため、計算の仕方が少し異なります。

敷地権の評価額を求める

まず、マンション全体の敷地(土地)の固定資産評価額に、その専有部分が持つ敷地権の割合(持分割合)をかけて、敷地権部分の評価額を算出します。

敷地権の評価額 = 敷地全体の評価額 × 敷地権の割合

敷地権の割合は、登記事項証明書(表題部)や、購入時の重要事項説明書などで確認できます。

建物(専有部分)の評価額と合算する

区分建物は、建物と敷地権が一体の不動産として登記されているため、通常の戸建てのように土地と建物を別々に計算するのではなく、建物(専有部分)の評価額と、敷地権の評価額を合算した金額を1つの課税標準として、端数処理を行います。

課税標準額 = 建物(専有部分)の評価額 + 敷地権の評価額

この合計額について、1,000円未満を切り捨て、その額に0.4%をかけ、100円未満を切り捨てる、という通常どおりの端数処理を行います。

計算例:専有部分の評価額が800万円、敷地全体の評価額が1億円、敷地権の割合が10,000分の500の場合

敷地権の評価額 = 1億円 × 500/10,000 = 500万円
課税標準額 = 800万円 + 500万円 = 1,300万円
登録免許税 = 1,300万円 × 0.4% = 52,000円

登録免許税は52,000円になります。

敷地権が複数の土地にまたがる場合

マンションによっては、敷地が複数の筆(土地の区画)に分かれており、敷地権もそれぞれの筆に対応して複数設定されていることがあります。この場合は、各筆の評価額に、それぞれの敷地権割合をかけたものを合計し、建物の評価額と合算して計算します。

固定資産税の課税明細書に注意

マンションの固定資産税の課税明細書には、「土地」の欄に、敷地全体ではなく、すでにその専有部分の持分に応じた評価額が記載されていることがあります。この場合は、あらためて敷地権の割合をかける必要はなく、記載された評価額をそのまま使用できます。どちらの形式で記載されているかは自治体や物件によって異なるため、記載内容をよく確認することが重要です。

公衆用道路(私道)がある場合の計算

戸建ての敷地の一部が、私道でありながら「公衆用道路」として固定資産税が非課税になっているケースがあります。固定資産評価証明書を見ると、この部分の評価額が「非課税」や「0円」と記載されていることが多く、「税金がかからないなら登録免許税もゼロでよいのでは」と思われがちですが、登録免許税は非課税にはなりません。

近傍宅地単価の30%で評価額を算定する

評価額のない公衆用道路については、その近くにある宅地(近傍宅地)の1平方メートルあたりの単価をもとに、次の計算式で評価額を算定するのが実務上の基準です。

公衆用道路の評価額 = 近傍宅地の1㎡あたりの単価 × 地積 × 30%(100分の30)

この「近傍宅地の単価の30%」という基準は、法務局が定める課税標準価額の認定基準に基づくものです。宅地そのものの評価額に比べて、公衆用道路は大幅に低い評価額で計算されるため、税額自体はそれほど大きくならないことが多いですが、計算自体は必要になる点に注意してください。

近傍宅地単価の調べ方

近傍宅地単価は、全国一律で定められているものではなく、次のような方法で確認します。

• 固定資産評価証明書に、近傍宅地単価が記載されている場合はそれを利用する
• 記載がない場合、市区町村役場で、証明書取得の際に近傍宅地単価の記載を依頼する
• それでも分からない場合は、管轄の法務局に、認定を受けたい旨を相談する(「評価のない土地の課税標準価額の認定請求」)

計算例:私道(公衆用道路、地積50㎡)の近傍宅地単価が1㎡あたり10万円の場合

公衆用道路の評価額 = 10万円 × 50㎡ × 30% = 150万円

この150万円を、他の敷地(宅地)部分の評価額と合算し、1,000円未満切り捨て → 0.4%をかける → 100円未満切り捨て、という通常の手順で登録免許税を計算します。

私道の持分だけを所有している場合

分譲地などでは、複数の所有者が私道部分を共有持分で所有していることもあります。この場合は、算定した評価額に、さらに持分割合をかけて計算します。

共有持分のみを相続する場合

不動産の一部の持分だけを相続する場合は、評価額に、取得する持分割合をかけた金額をもとに計算します。

例:評価額2,000万円の土地のうち、2分の1の持分を相続する場合

2,000万円 × 1/2 = 1,000万円(課税対象となる評価額)
1,000万円 × 0.4% = 40,000円

登録免許税は40,000円になります。

登録免許税が免除されるケース

一定の要件を満たす場合、登録免許税が免除される特例があります。相続登記の促進を目的に設けられている制度で、主に次の2つがあります(いずれも申請書に、免税の根拠となる条文の記載が必要です)。

1. 数次相続における、一次相続部分の免税

相続登記をしないまま相続人が亡くなり、さらに相続が発生している場合(数次相続)、亡くなった方(一次相続の相続人)への相続登記部分については、登録免許税が免除されます。この特例は、令和7年3月31日までの間に受ける登記が対象とされていましたが、適用期限が延長されています。適用を受けるには、申請書に「租税特別措置法第84条の2の3第1項により非課税」と記載する必要があります。

2. 評価額100万円以下の土地の免税

相続によって取得した土地で、評価額が100万円以下のものについては、登録免許税が免除されます。この特例も適用期限が設けられており、延長が繰り返されているため、申請時点での最新の適用期限を確認する必要があります。申請書には「租税特別措置法第84条の2の3第2項により非課税」と記載します。

いずれの特例も、要件に該当するかどうかの判断が難しい場合があるため、免税を受けられそうな場合は、事前に法務局や専門家に確認することをおすすめします。

計算時によくある間違い

• 固定資産税の「課税標準額」と「評価額」を混同してしまう(登録免免許税の計算に使うのは、原則として評価額です。課税標準額は、住宅用地の特例などにより評価額より低く設定されていることがあるため、注意が必要です)
• 共有名義の不動産で、持分割合を反映せずに計算してしまう
• 数次相続の免税特例に気づかず、本来不要な税金を納めてしまう

まとめ

• 登録免許税は、固定資産評価額 × 0.4%で計算する
• 評価額は1,000円未満切り捨て、税額は100円未満切り捨てという端数処理のルールがある
• 土地・建物は別々に計算し、複数の不動産はまとめて評価額を合算できる
• マンション(敷地権付き区分建物)は、建物と敷地権の評価額を合算してから端数処理を行う
• 公衆用道路(私道)は非課税でも、近傍宅地単価の30%で評価額を算定して登録免許税を計算する
• 共有持分のみを相続する場合は、持分割合を反映して計算する
• 数次相続の一次相続部分や、評価額100万円以下の土地には免税特例がある

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